操作系统

底层 Ubuntu 18.04，业务层可支持Linux和windows各发行版本。

作业调度

Slurm

编 译 器

Intel C/C++/Fortran编译器

数 学 库

Intel MKL、BLAS、LAPACK、FFTW

并行环境

Intel MPI、OpenMPI

GPU环境

GPU容器、GPU虚拟化

1

JupyterLab

python

1.1

3.10-3.6

Jupyter Notebook 的本质是一个 Web 应用程序，便于创建和共享程序文档，支持实时代码，数学方程，可视化和 markdown。 用途包括：数据清理和转换，数值模拟，统计建模，机器学习等等

实例

2

R

RStudio

4.2

4.2.2

R 提供数据挖掘和分析功能，提供统计和制图技术，包括线性和非线性建模，经典的统计测试，时间序列分析、分类、收集等。

RStudio是为R语言设计的一种跨平台集成开发环境.

实例

3

Pytorch

2.1.1

PyTorch是一个开源的Python机器学习库，基于Torch，用于自然语言处理等应用程序

实例

4

GROMACS

2016.3

GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件，其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大的优势。GROMACS是用于研究生物分子体系的分子动力学程序包。

集群

5

NAMD

2.12

NAMD（NAnoscale Molecular Dynamics）是用于在大规模并行计算机上快速模拟大分子体系的并行分子动力学代码。

集群

6

Amber

分子动力学软件

集群

7

lammps

LAMMPS即Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，可以翻译为大规模原子分子并行模拟器，主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作，

集群

8

Ubuntu虚拟机(GPU) 18.04

18.04

Ubuntu是著名的Linux发行版之一，也是目前最多用户的Linux版本

9

Docker

20.10

Docker是一个开放原始码的开放平台软体，用于开发应用、交付应用、运行应用

实例

备注

1、 平台可根据用户需求部署软件。

2、 如需使用商业软件，课题组需要提供软件及授权license。平台可部署软件及授权给课题组单独使用。